انطلاقاً من رغبة كلية الهندسة للقيام بدور فعال في المجتمع يتعدى دور تخريج المهندسين، وذلك بتأهيل مهندسين قادرين على البحث والابتكار ليتمكنوا من المساهمة في تطور وتقدم المجتمع، لهذا بدأت  كلية الهندسة في برنامج الدراسات العليا لنيل درجة الإجازة العالية (الماجستير) لتحقيق الأهداف التالية:
< إعداد كوادر متخصصة في مجال العلوم الهندسية لتحقيق الاكتفاء من أعضاء هيئة التدريس في هذا المجال.
< ترسيخ قاعدة  البحث العلمي في مجال العلوم الهندسية .
< دعم قطاع التعليم الهندسي بالعناصر القادرة وتوفير الخبرات المؤهلة والكفاءات الفنية والعلمية .
< تدريب طلبة الدراسات العليا على أساليب ومنهجية البحث العلمي لدراسة المشكلات ذات الأبعاد المحلية وتقديم الحلول الناجحة لها .
< الاستفادة من الخبرات والمعدات المتوفرة لدى كلية الهندسة والمؤسسات العلمية والصناعية بالمنطقة لصالح تنمية وتطوير المجتمع وتقدمه في جميع المجالات التنموية والصناعية .
< إعداد متخصصين ذو مستوى عالي في مجال البحث العلمي وخاصة الذين يطمحون في الابتكار والاختراع والتميز .
< تنمية روح البحث والدراسة لدى طلاب الدراسات العليا .
وقد بدأت الدراسات العليا بالكلية ابتداء من فصل الربيع ( 2002 – 2003 ف) حيث باشر عدد من الطلبة للدراسة  في الكلية وفق تخصصاتهم المدنية والميكانيكية والكهربائية.

7 هندسة ميكانيكية  7  هندسة مدنية  7  هندسة كهربية